Od roku 1972 existoval v Brandýse v rámci TJ Houštka Stará Boleslav oddíl kanoistiky, který provozoval a rozvíjel svou činnost především v oblasti výchovy mládeže v disciplinách vodního slalomu a sjezdu na divoké vodě. Smyslem této činnosti bylo získat mladé zájemce o tento sport a vychovat z nich vodáky na úrovni rekreačního, případně u vybraných jedinců, na úrovni výkonnostního sportu.
V roce 1973 byl do Brandýsa nad Labem převeden kanoistický oddíl Dukla Bechyně, z kterého posléze vznikla z rozhodnutí Armádního střediska Dukla Brandýs nad Labem, kde byla řada úspěšných republikových závodníků. Tato skutečnost vedla tehdejšího předsedu TJ Houštka dr. Sýkoru k rozhodnutí požádat vedení Dukly Brandýs o pomoc a spolupráci při výchově mládeže na úseku kanoistiky. Dukla vyhověla a několik špičkových armádních závodníků a členů Dukly Brandýs nad Labem začalo v TJ Houštka mládež trénovat. Mezi nimi i pozdější hlavní trenér a vedoucí oddílu Kajak klubu Brandýs Oldřich Blažíček.
Smyslem stavby bylo vybudovat umělou slalomovou dráhu pro špičkové slalomáře s vědomím, že většina československých reprezentantů je soustředěna v Dukle Brandýs nad Labem, a proto je potřebné, aby právě v této lokalitě byly vytvořeny podmínky pro provozování tohoto druhu sportu. Zároveň tomuto záměru nahrávala i skutečnost, že tato lokalita bude snadno dosažitelná i pro špičkové závodníky z Prahy a celkově se toto zařízení stane dobrou propagací vodního slalomu mezi mládeží. V roce 1980 byl tedy v Brandýse postaven první umělý kanál v ČR.
V letech 1989 – 90 bylo dohodnuto s novým sponzorem, že veškerá finanční pomoc bude řádně použita a rozdělena na činnost celého oddílu TJ BSS Brandýs. Skutečností však bylo, že prakticky veškeré poskytnuté finanční částky byly použity na činnost oddílu kopané. Z toho důvodu se na základě rozhodnutí členské schůze ze dne 3.5.1990 oddíl vodního sportu rozhodl osamostatnit a založit vlastní TJ Kajak klub Brandýs nad Labem.
V roce 1986 přešli členové kanoistiky TJ Houštka do sportovního oddílu TJ BSS Brandýs nad Labem, kde se oddíl vodního slalomu a sjezdu nadále věnoval provozování rekreačního a výkonnostního sjezdu se zvláštním zaměřením na mládež.
Přibližně od roku 1998 nastala určitá stagnace činnosti oddílu zapříčiněná jednak chybným přístupem za strany ÚZSVM (Úřad pro zastupování státu ve věcech majetkových) v otázce převodu užívaného pozemku do vlastnictví klubu a jednak uzavřením brandýského mlýna, a tím i umělého vodního kanálu z důvodu restituce.
V roce 1993 dochází na základě usnesení valné hromady oddílu SK Alfa Brandýs nad Labem, což je nový název pro TJ BSS, k faktickému převodu movitého i nemovitého majetku (loděnice), na Kajak klub Brandýs n. L. Zároveň bylo oddílu Kajak klub postoupeno právo trvalého užívání pozemku, na kterém se loděnice nacházela a který oddíl využíval od svého založení pro svoji sportovní činnost.
Konečně dořešeny problémy spojené s převodem pozemku kolem loděnice do vlastnictví Kajak klubu. Areál horní loděnice je tedy definitivně náš a v době nefunkčního kanálu se tak stává hlavní tréninkovou základnou.
Návratem bývalých závodníků k trenérské činnosti znamená rok 2010 postupný rozmach klubu a opětovné posílení tradičních kajakářských klasických disciplin ve slalomu a sjezdu na divoké vodě. Klub po letech stagnace nabírá novou mládež.
Po řadě dlouhých let jsme v roce 2014 na našem kanále úspěšně zorganizovali závody a to hned mistrovství ČR žactva ve slalomu a sjezdu. Úspěch to byl veliký!
Koncem roku 2012 došlo k zprovoznění umělého vodního kanálu a k dohodě s vlastníkem kanálu o jeho využívání pro účely klubu a veřejnosti. Došlo k náboru dalších mladých členů a klub se tak úspěšně rozrůstá.
Díky obětavé práci členů a vůbec všech lidí, kteří tu v Brandýse mají náš sport rádi, zažívá klub zřejmě nejveselejší období v jeho historii. Raketový nárůst členů, zisk prvních mistrovských medailí v žákovských kategoriích, oprava horní loděnice a pořádání MČR žactva v září 2017 je toho dokladem…